Ülkemizde 1990’lı yıllardan itibaren sağlık hizmetlerinin kalitesini yükseltmek, kaliteli hizmet alımını sağlamak, koruyucu sağlık hizmetlerini geliştirmek ve böylece toplumun yaşam kalitesini yükselterek ülkelerin gelişmişlik düzeyini belirleyen en önemli göstergelerden olan sağlık göstergelerinin iyileşmesini sağlamak üzere sağlık projeleri yapılmaya başlanmıştır. Bu çerçevede, Birinci Sağlık Projesini gerçekleştirmek üzere Dünya Bankası’nın Proje Değerlendirme Raporu ve 7 Ekim 1990’da yürürlüğe giren İkraz Anlaşması hükümleri uyarınca Sağlık Projesi Genel Koordinatörlüğü (SPGK) kurulmuştur. Dünya Bankası uzmanları ve SPGK tarafından tasarlanan sağlık projelerinin hazırlanmasından ve uygulanmasından sorumlu olan Sağlık Projesi Genel Koordinatörlüğü, ilk kurulduğu yıldan bu yana yeni değişimleri yakalayabilmek ve daha etkin çalışabilmek amacıyla organizasyona yönelik olarak yapısal değişiklikler geçirmiş ve son olarak, 24 Mart 2004 yılı Makam Oluruyla, Proje Yönetimi Destek Birimi (PYDB) adını almıştır. 07.08.2009 tarih 262 sayılı Makam Oluruyla İzleme Değerlendirme Koordinatörlüğü ve Proje Uygulama Birimi (Kuş Gribi Projesi) PYDB’ye bağlanmıştır.
2003 yılında 58 ve 59. Hükümet tarafından sağlık alanında bir program hazırlanmış ve bu alanda yürütülmesi öngörülen temel hedefler “Herkese Sağlık” başlığı altında belirlenerek bu temel hedefler ışığında Sağlık Bakanlığı ile Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı “Sağlıkta Dönüşüm Programını” hazırlamıştır. Aynı yıl Sağlık Bakanlığı ve Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı ortak çalışarak, “Policy and Human Resources Development Fund” (PHRD) ve Dünya Bankası katkıları ile Japon Kalkınma Bankasından hibe alarak “Sağlıkta Dönüşüm Programına Destek Sağlıkta Dönüşüm Projesi” (SDP) hazırlık çalışması yapmışlardır. PHRD hibesinden yapılan çalışmalar, Sağlıkta Dönüşüm Projesi (SDP) yürürlüğe konmadan önce Aile Hekimliği, Akreditasyon ve Sağlık Bilişimi alanlarındaki mevcut durumun değerlendirmesi ve paydaş analizlerini kapsamıştır.
 
2004 yılında Dünya Bankası ve Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti 49 milyon Euro’luk bir kredi anlaşması yapmışlardır. Anlaşma gereği “Sağlıkta Dönüşüm Programına Destek Sağlıkta Dönüşüm Projesi”nin yürütücüleri Sağlık Bakanlığı ile Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlıklarıdır. Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı’nın projeyi yürütme sorumluluğu Sosyal Güvenlik Kurumunun (SGK) kurulması ile birlikte SGK’nın sorumluluğu altına verilmiştir. Sağlıkta Dönüşüm Projesi ile, genel olarak sağlık hizmetlerinin etkili, verimli ve hakkaniyete uygun şekilde organize edilmesi, finansmanının sağlanması ve sunulması hedeflenmektedir.